口舌生疮的患者具体使用的药物要特别注意，如果口舌生疮由感染所致，可能考虑使用消炎药物，如青霉素类的阿莫西林、阿奇霉素类药物、头孢类药物，尽量选其一。
对于舌头以及牙龈深部组织的炎症，甚至可以考虑加用硝唑类药物，将厌氧菌得以控制，如甲硝唑、奥硝唑或者替硝唑，选其一即可。硝唑类的药物与上述药物之间最好间隔10分钟再进行口服，同时要注意在使用药物之前，一定要注意药物过敏史，如果有以上药物过敏史的患者，不要使用此类药物。
在使用药物的前一周和后一周，以及使用药物期间，绝对禁止饮酒，否则会引起非常严重的不良后果。对于口舌生疮的患者，还可以考虑使用一些外用药物，如漱口液以及外用涂抹的促进溃疡愈合的药物等，同时保持口腔清洁卫生，饭后漱口，预防感染。
