大黄蛰虫丸主要的副作用，包括对胃肠道的刺激，因此本身脾胃比较虚弱的人，服用大黄蛰虫丸会引起非常明显的胃肠道不适。此外，如果体内有活动性出血或有出血倾向者，服用大黄蛰虫丸非常容易引起出血。大黄蛰虫丸中含有较多破血逐瘀作用的药物，会损伤人体正气，如果长期服用，容易引起人体正气的虚耗，从而出现虚证的表现。
大黄蛰虫丸具有祛瘀生新的作用，由大黄、蛰虫、芍药、桃仁、黄芩、杏仁、干漆、水蛭、虻虫、干地黄等药物组成，可以用于治疗五劳过节所引起的血瘀之症。服用大黄蛰虫丸应注意中病即止，如果患者血淤、淤积的症状改善以后，必须马上停药，同时服用具有补益作用的药物，扶助人体的正气，所以体质比较虚弱的人使用大黄蛰虫丸，非常容易损耗人体的正气。
