早上睡醒后感觉腰疼和肩膀疼的常见原因如下：

1、睡觉时状态不良：部分患者喜欢睡软床，同时喜欢露着肩膀睡觉，尤其使躺在比较软的床上时，腰椎处于非生理曲度状态，会导致局部肌肉、韧带、腰椎关节处于高张力状态，局部疲劳没有得到有效缓解，反而加重局部组织张力，造成继发性损伤，出现腰疼的症状。肩膀如果受凉或长时间维持一个睡姿，压到局部肩膀，肩膀的肌肉、软组织在压力或寒冷刺激下，可诱发局部的炎症反应或造成局部疼痛，早上起床时感觉疼痛的症状特别明显；

2、有基础疾病：如果本身患有基础疾病，如肩周炎或腰肌劳损，休息时没有得到有效缓解，在起床活动时便会诱发疼痛。此类情况可能与患者长时间的工作习惯或休息习惯不良有关，建议患者改良不良坐姿，多进行腰背部的伸展运动、局部理疗、注意保暖、戒烟、戒酒，清淡饮食应该多吃蔬菜和水果，可使症状得到缓解。