人乳头瘤病毒39型阳性，若是单纯感染则并不严重；但若是引起上皮病变，则比较严重。建议根据不同的病变，进行不同的治疗。具体如下：

1、单纯感染不严重：若人乳头瘤病毒39型阳性，但没有引起宫颈上皮病变，此时并不严重。建议定期给予复查，因为绝大部分人乳头瘤病毒39型，经过1年左右会自行转为阴性，所以没有必要紧张；

2、引起上皮病变则较严重：若人乳头瘤病毒39型阳性，并且导致宫颈上皮病变，则比较严重。若出现低级别的癌前病变，可考虑做激光治疗，主要是使病变的组织坏死、脱落，达到临床治愈的目的；若宫颈上皮在高危HPV39型感染下，已经发生高级别癌前病变，建议做宫颈的锥形切除手术治疗。此外，在术后需要定期复查，若已经发生癌变，建议做相应手术治疗。

此外，一旦人乳头瘤病毒39型转为阴性，而又没有其他HPV病毒感染，建议接种HPV疫苗，以便减少HPV感染的可能性。