卵巢冠囊肿和卵巢囊肿，主要区别是位置不同，卵巢冠囊肿位于输卵管，卵巢囊肿位于卵巢。二者的性质基本相同，都属于良性肿瘤，恶变率也基本类似。

通常认为卵巢冠、卵巢、输卵管的来源相同，都来自苗勒氏管，从该角度出发，卵巢冠囊肿和卵巢囊肿基本的生物学行为也相同，带来的影响也基本相同。此外，处理原则也相同，即做卵巢冠囊肿或卵巢囊肿的剔除，以及病人在B超下的表现也基本类似。

子宫是位居中宫的位置，就像皇宫一样，两边各有一个偏殿，即卵巢，其中长出的囊肿称为卵巢囊肿。在中宫与卵巢之间存在输卵管，有时也会发生囊肿，称为卵巢冠囊肿。因为其形似冠，戴在卵巢的上面，故得名卵巢冠囊肿。