女性左侧肩胛骨下方，躺下时疼痛的原因如下：

1、颈椎病：长时间处于不正确的姿势，或者颈椎间盘、小关节，以及椎旁的肌肉、韧带退变，所造成的颈椎病，在躺下时，就会出现左侧肩胛骨下方疼痛，而疼痛通常与枕头过高有关。因此出现左侧肩胛骨下方躺下时疼痛，应该行颈椎核磁共振检查，排查有无椎间盘突出，或者椎间关节退变造成的疼痛；

2、胸腔或者腹腔脏器牵涉性疼痛：也可以引起女性左侧肩胛骨下方的疼痛；

3、背部肌筋膜炎：曾经肩部受过伤，或者受到寒冷的刺激，或者长时间低头做事，引起颈肩综合征，诱发肩背部肌筋膜炎。这种肌筋膜炎，通常通过影像学检查不能找到相应的确诊，通过排除颈椎病、肩关节占位，排除其他病因进行确诊。

出现女性左侧肩胛骨下方，躺下时疼痛的问题，一般通过休息、外用消炎镇痛药、口服消炎镇痛药，配合针灸、理疗、推拿、按摩等一系列辅助措施，来缓解疼痛。