巨结肠活检伤害并不大，很多医生选择做活检的原因是先天性巨结肠的手术比较复杂，术后还有各种问题，所以医生在做手术之前是非常慎重的。做巨结肠活检就可以确定，一旦确定巨结肠，就有手术指征。
医生建议做检查，检查是在简单的麻醉下，从肛门里取少许直肠化验，做完后马上缝起来，所以术后可以立即进食、活动，都没有任何影响。
现在还有些新的方法就是做直肠黏膜活检钳，不需要全身麻醉，直接在镇静下就可以从肛门里取黏膜做化验。黏膜不用缝合，但黏膜在数小时之内就可以长上去，所以是非常安全的。
用黏膜活检钳和手术全麻下取直肠黏膜化验有区别，活检钳取的标本量较少，有时会出现阴性结果。并且取的位置较浅，黏膜取出后可能会出血，当然出血率和病例非常少见。
如果在全麻下取直肠，基本上不会出血，因为是在直视下，取的标本量较多，取的点也较多，各有优缺点。
