漱口水不能代替刷牙。刷牙是通过机械作用，清洁牙齿表面的细菌和牙菌斑，保证牙齿健康，而漱口水只是机械的冲洗，仅起到一定的辅助作用。漱口水有不同的成分，如药用漱口水，其中含有杀菌成分。虽然可以辅助降低口腔中细菌的浓度和抑制繁殖，有助于维持口腔和牙齿健康，但是单纯靠漱口，远远起不到刷牙的作用。刷牙是通过机械的方法，将牙齿各个面上的菌斑进行机械清除。如果能掌握正确的刷牙方法，刷的时间足够长，大多数菌斑能有效得到清除。
漱口仅能去除表面附着比较松弛的食物残渣及细菌团块。部分特殊患者刚拔完牙后还不适合进行局部的刷牙，或者做口腔手术，此时进行一定程度的漱口，尤其利用药用漱口水进行漱口，有助于辅助清洁口腔。不能因为特殊人群的存在，就认为漱口水能代替刷牙，漱口水仅是刷牙之余，辅助清洁口腔卫生的一种措施。同时不同的漱口水有不同的目的，药用漱口水用于杀菌，含有口腔清新剂的漱口水用于改善口腔气味，与刷牙的目的完全不同。
