自免肝是指自身免疫系统把肝胆系统当作异源性器官进行攻击，从而导致肝胆系统出现损伤，远期损伤严重会引起肝胆衰竭。其中自身免疫性肝病又包含自身免疫性肝炎、原发性胆汁性胆管炎、原发性硬化性胆管炎，以及IgG4相关的肝胆疾病，这些主要是因为自身免疫系统将不同的靶细胞，当作异源性进行攻击。其中自身免疫性肝炎就是把肝细胞当作异源性细胞进行攻击，从而导致肝细胞坏死、肝炎、肝损害。在后期容易引起肝硬化、肝衰竭，因此在早期就必须及时给予相应处理，包括抑制免疫力，这种情况下才能够减缓疾病的进展。
其他类型的主要是肝内胆管或者肝外胆管进行相应攻击，从而引起胆汁性淤积、胆汁性肝硬化，患者早期主要是要以利胆为主，再配合抑制自身免疫力的药物。针对自免肝，早期处理预后比较好，如果患者出现肝萎缩、肝硬化，再进行处理可能就比较复杂，可能最终需要肝移植治疗。
