肛瘘术后创面愈合后通常排便、排尿正常，排便时可以控制大便，无肛门失禁、肛门狭窄，肛门无任何主观不适，患者自己判断是否愈合可以根据以上感觉进行。专业判断需要专业医生进行系统检查后才能做出判断，通常肛瘘伤口如果不再出现感染和破溃等于疾病彻底愈合。无任何症状包括无渗出、瘙痒、局部无红肿。需要进行肛门指诊检查，指诊肛门括约功能无明显受损、创面较平整、无明显压痛、无明显凹陷，则肛瘘愈合。
肛瘘手术伤口恢复较为缓慢，大手术如复杂肛瘘至少需要1-2个月，因为伤口从内部往外使肉芽填充上皮爬行，同时要求引流通畅缓慢愈合。部分人愈合较差会形成假性愈合，此时需要及时应用中药坐浴，及时就医复查。
