胃肠外科主要针对胃肠道需要手术治疗的病变，包括常见的胃肠道肿瘤，如胃癌、结肠癌，或者其他的恶性或者良性肿瘤，如间质瘤、平滑肌瘤，可能只要需要手术治疗的都需要胃肠外科进行治疗。
另外现在针对部分良性疾病，胃肠外科也可以进行治疗，比如减重手术，也在胃肠外科进行，胃食管反流需要进行抗反流手术，也是在胃肠外科进行手术。所以主要针对胃肠道，只要需要外科进行治疗，需要进行手术治疗的疾病，都是在胃肠外科进行治疗。
胃肠外科除了管胃和大肠以外，小肠也都属于胃肠外科治疗的范畴，小肠疾病相对比较少见，如间质瘤、小肠恶性肿瘤，还有部分需要治疗的疾病，如梅克尔憩室等都需要胃肠外科进行诊治。
胃肠外科和内科的主要区别在于胃肠外科主要是开腹或者腹腔镜下进行手术，内科主要是在药物治疗，或者是进行内镜下的手术治疗，这就是胃肠外科和胃肠内科的主要区别。
