肌瘤与子宫肌壁的关系决定治疗方式。黏膜下肌瘤指肌瘤在子宫壁向宫内突出，形成一个占位性病变，主要采取手术治疗，也包括其他对症治疗，比如抗炎、止血治疗。

黏膜下肌瘤通过腹腔镜或宫腔镜进行手术，取决于肌瘤大小、位置。通常大部分在腔内，少部分位于肌层内或黏膜下肌瘤根部在子宫内壁形成一个细小的蒂状组织。如果肌瘤＞5cm，采取宫腔镜手术需较为娴熟的手术操作技巧，过大则需通过宫腔镜操作，较危险。如果大部分在子宫肌层内，少部分突向子宫腔内，可以采取宫、腹腔镜联合的手术方式，在宫腔镜下将突向宫腔的部分切除，而在腹腔镜下将在肌层内肌瘤挖除。