发生桥本甲状腺炎合并甲状腺功能减退症时，需要给予左甲状腺激素替代治疗，一般需要终身治疗。
因为桥本甲状腺炎是一种自身免疫性疾病，是慢性淋巴细胞性甲状腺炎，是甲状腺把自己当成抗原产生自身抗体。随着病变的进展，逐步发生淋巴细胞代替甲状腺组织，使得甲状腺激素的合成分泌没有场所，导致低代谢症候群、甲状腺功能减退症。
桥本甲状腺炎的患者可以出现记忆力减退、嗜睡、关节疼痛、体重增加、黏液性水肿。女性患者出现月经紊乱与月经量增多为其表现，累及到心脏时发生心音低钝、心率慢、心包积液、心衰，患者可以发生黏液性水肿、黏液昏迷，非常危险。
一般给予左甲状腺激素替代治疗，从小剂量开始，根据患者的年龄、心脏功能逐渐加量，一直加到能够完全替代的剂量，切忌患者不能随意停药，一般需要终身治疗。
服用左甲状腺激素替代治疗以后，使得甲状腺激素水平与正常人一样，所以就能跟正常人一样的工作、生活、学习、结婚、生子。只是需要终身服用左甲状腺激素，以达到临床治愈。
