婴儿发烧39℃的处理方法，包括针对发热进行降温处理和针对病因处理。具体如下：

1、对症处理：即降温处理，包括物理降温和药物降温。婴儿一旦出现39℃，可以将婴儿衣服解开，积极进行散热处理。39℃属于比较高的温度，容易诱发婴儿出现热性惊厥等情况，可以适当给婴儿服用专用的退烧药治疗，比如乙酰氨基酚或布洛芬等。服用药物后要给婴儿多喂水，以促进药物吸收、代谢。服药后可以用温水给婴儿擦拭身体，必要时采用冰贴、退热贴退烧；

2、对因处理：婴儿发烧39℃，最好及时就医检查，找到引起发烧的病因，针对病因进行积极控制，才能彻底缓解发烧症状。