通常情况下，女性来月经的时候不能做肠镜，因为做肠镜的时候是取侧卧位，要暴露整个外阴，然后将肠管、肠镜顺着肛门一直放到肠管里面来进行检查，如果来月经，阴道在不断出血，可能会对肠镜检查造成影响。
另外，肠内不洁的东西也会流出到体外，由于阴道口和肛门的距离非常近，很容易造成生殖道感染，虽然在做肠镜之前做了充分的洗肠准备，但是难免也会有不洁的东西积聚到阴道口。
在月经期的时候，因为子宫内膜脱落，所以子宫内膜的基底层是开放状态，血管裸露，如果有细菌侵入宫腔，很容易造成感染，会出现子宫内膜炎，甚至盆腔炎。女性来月经的时候，做肠镜也可能会给消化科的大夫带来不必要的麻烦，所以在月经期间不要进行肠镜检查。
