牙齿根部发黑其原因可能很多，主要如下：

1、龋病：可能是由于牙齿的根部患有龋病，有可能会导致牙根部的牙骨质以及牙本质出现龋坏，有可能逐渐地发黑。对于这种情况，首先可以对牙根部发黑的部位进行去龋，如果没有穿髓，可以进行盖髓术以及进行充填修复等。如果已经穿髓，可能要进行根管治疗术，将牙髓进行彻底的去除，将牙根以及牙髓腔的炎症组织进行清理，并且进行冲洗、消毒，然后再进行根管的充填，从而改善牙齿根部发黑的问题；

2、牙龈炎、牙周炎：对于部分患者是由于牙龈炎或牙周炎、牙结石以及牙菌斑长期堆积，慢慢地色素沉着混合而成，就造成牙齿根部发黑的问题。对于这种情况，多半是由于牙齿的龈下结石受到色素的沉积，而表现为牙齿根部发黑。如果是这种情况，建议及时地进行全口洁治，如龈上洁治和龈下刮治，特别是进行龈下刮治，将牙齿根部的牙结石进行彻底地清除，可能就可以改善牙齿根部发黑的问题；

3、重金属中毒：对于部分患者，牙齿靠近牙根部的牙龈发黑，还有可能是由于重金属中毒所引起。如果是这种情况，建议患者要尽早到医院进行就医，并且给予相应的指导以及相应的治疗。