3岁孩子膝盖后面的窝痛的原因较多，具体如下：
1、外伤：外伤在临床上是导致3岁孩子膝盖后面的窝痛的常见原因，所以要考虑孩子是否有外伤史。3岁孩子活泼好动有时受了外伤也不知道，而且孩子也说不清病史。所以此时家长可以看局部是否有红肿、瘀青、瘀斑等皮肤改变，若有上述皮肤改变，提示孩子曾经有外伤；
2、滑膜炎：若孩子运动过度会造成滑膜炎，此时孩子的关节腔水肿，当肌腱牵拉后会导致膝盖后面的窝疼痛。滑膜炎在临床上也比较常见，此时要尽量让孩子休息；
3、关节炎：若3岁孩子膝盖后面的窝痛，同时还伴有红肿，此时提示孩子局部有感染，可能是关节炎。此时可应用消炎的药物来对症处理；
4、生长痛：因为孩子3岁的时候生长比较快，若此时孩子缺钙则造成生长痛，进而表现为3岁孩子膝盖后面的窝痛。因此，家长平时要积极给孩子补钙，可在孩子的膳食中有意识添加富含钙质的食物，比如海里面的小虾米。
