体外肾结石碎石整体疼痛程度大多数患者可以耐受，但需根据患者个体的耐受程度而定。因为体外碎石时是经过腰部垂击一样的感觉，有些患者疼痛会比较厉害，需要应用杜冷丁，甚至局部止疼药，但大多数患者可以耐受。
此外，碎石时一些小渣子会随着碎石过程的延续，沿着输尿管向下移动，此时并不可控，形成的局部疼痛有些人也比较明显，属于一个排斥过程。此类疼痛很多人都会有，若碎得足够微细，程度会较轻，但若是比较大的小碎石头，排出去之后局部症状会很明显。
此外，还有碎石频率，包括碎石强度，通常碎石频率越快，疼痛感越强。虽然碎石强度越高，碎石效率会越高，但局部引起疼痛也会加重。因此，体外肾结石碎石疼不疼一看患者的耐受程度，二看局部碎石的频率，包括碎石强度，这些不同也会引起碎石的程度、感受、疼痛度不同。
