临床上对于肾囊肿分成两种情况去对待，包括单纯性的肾囊肿、多囊肾，这两种形式在临床上的处理方式完全不相同。首先无论是单纯性肾囊肿还是多囊肾，发病原因属于先天性。其次对于单纯性的肾囊肿，往往都是单个发生。对于处理单纯性肾囊肿，在临床上要根据囊肿大小，即囊肿的直径来算。
当肾囊肿的直径大于5cm的时候，需要考虑手术处理。因为对于这种囊肿没有任何保守治疗办法，只能通过手术去解决，所以手术指征很明确。同时除了直径大小以外还有一些手术指征，比如肾囊肿合并有高血压、肾囊肿合并有囊内出血感染等。多囊肾病人需要高度小心，原因在于多囊肾往往到最终都会引起尿毒症的发生，所以对于这样的病人需要及早治疗。
