服用益生菌的具体时间，并没有特殊的要求，无论是饭前服用、饭后服用，对益生菌的作用应该没有非常大的影响。但是需要提醒注意的是，因为益生菌是生物活菌制剂，因此细菌便担心被胃内的胃酸杀灭，所以很多益生菌制剂都做成肠溶胶囊的形式。
希望患者在服用这类药物时，如果是肠溶胶囊制剂，一定不要把胶囊拆开，直接服用里面的粉末或颗粒。因为吃进去的细菌成分很可能会被胃酸杀灭，失去其正规、有效的药理学作用。另外，也希望患者注意的是益生菌制剂不要和敏感的抗生素同时服用，因为抗生素可能会把药里的有益细菌杀死，影响其疗效。
益生菌是消化科非常常用的一类药物，主要作用机制是通过直接补充肠道里的有益细菌，或者创造有利于肠道内有益细菌生长的作用。使肠道有益菌增加，同时完成有益菌的正常生理功能，广泛应用在腹泻、便秘、腹胀以及消化不良等疾病的治疗过程中。
临床常用的益生菌制剂里含有的益生菌成分，主要包括双歧杆菌、乳杆菌、肠链球菌、地衣芽孢杆菌等。
