现在用的抗甲状腺素药物最主要的副作用包括以下几个方面：

1、白细胞异常：抗甲状腺素药物对白细胞的影响，可能导致白细胞减少，甚至粒细胞缺乏。所以在使用过程中，经常会给患者监测血常规；

2、转氨酶异常：另外一个副作用是对转氨酶的影响，有些患者可能服用药物后会出现肝功异常，就是转氨酶的升高。当然这可能需要在用药之前首先要明确一下患者的血常规或者是肝功是否正常，因为甲亢本身也会引起白细胞减少或者是肝功异常。如果是甲亢造成，随着甲亢好转，这些副作用可以恢复。但如果是药物造成的白细胞减少、粒细胞缺乏、转氨酶升高等，意味着需要调整药物；

3、胃肠道反应：其他的不良反应包括胃肠道不良反应，如恶心、呕吐等，因为所有药物经过口服可能都会有患者耐受性的问题；

4、过敏：非常少见的不良反应是部分患者可能出现过敏，无论是服用甲巯咪唑还是丙硫氧嘧啶，部分患者确实是耐受不了，出现皮肤的瘙痒，甚至皮疹。

但无论是哪一个药物不良反应，如果出现了并且明确跟药物相关，还是尽可能地停用药物。或者换用其他药物或者换用其他治疗方式，尽可能选择能耐受的药物来治疗，毕竟甲亢治疗是一个比较长疗程的治疗。