胆肠吻合术在腹部外科或者肝胆外科的手术里，应该还是比较大的手术。胆肠吻合手术都往往跟其它手术联合在一起，原发性肝内胆管结石，有些情况下需要做胆肠吻合，比如半肝切除，为保持胆管的通畅，做肝门部胆管成形，需要把肝门部胆管跟肠接起来，做胆肠吻合。

胆管下端Oddi括约肌功能丧失，常出现胆道的反流，需要做胆肠吻合减轻胆道的反流，包括胰头癌手术。胰十二指肠切除以后，胆道要有通路，需要做胆肠吻合。胆管癌根治手术，把胆管的肿瘤切除后，剩下正常的残余胆管需要做肠道吻合，保持胆汁的流出道的通畅。单纯胆肠吻合手术比较少见，比如做过胆肠吻合手术，时间长以后胆肠吻合狭窄，把原来狭窄的地方切掉，重新做胆肠吻合，所以有时俗称为翻修手术，这就是单纯的胆肠吻合，多数情况下该手术是其它腹部或者胆道大手术的组成部分。