小孩阴茎小的发病原因复杂，一般患儿阴茎小，主要是因为患儿肥胖、隐匿，家长观察认为是患儿阴茎小。但是医生检查其不属于小阴茎，只是看起来短。

患儿阴茎长短是相对的，有的患儿相对较长，有的患儿相对较短。此外，对小阴茎的诊断还有其它标准，临床上真正的小阴茎较少见，一般老百姓带着患儿到医院就诊，主诉患儿阴茎小，其实都不是真正的小阴茎。