首先要明确生殖器疱疹的致病原因是生殖器疱疹病毒造成的致病菌，也就是单纯疱疹病毒的2型造成的生殖器疱疹，是病毒性疾病。
药物治疗分两类，一类是抗病毒，就是洛韦类药物，阿昔洛韦、泛昔洛韦、伐昔洛韦。第二类就是杀病毒，不是抗，而是杀死，杀死的药物主要是干扰素。局部有疱疹，特别是破溃时涂α-2b干扰素凝胶最好，专门有这药是进口的，专门杀病毒的。
疱疹破溃以后，含大量病毒，涂α-2b干扰素凝胶可以杀灭病毒，同时可以快速的让伤口、黏膜愈合。当然光靠涂药是不够的，根本治疗还是要彻底的杀灭病毒，就是要用干扰素针来注射治疗。注射治疗就是降低体内的病毒含量，避免复发的可能性，有的人用完干扰素打针打一段时间后，半年左右犯一次，再用一年左右犯一次，直至最后不犯了。所以说让体内的疱疹病毒含量降低，是根本的治疗方法，涂药是在疱疹破溃时应急的办法。当然用抗病毒的药，也可以促进愈合，可以同时服用更昔洛韦，再打干扰素，目前的治疗主要是这两个方面。
