早期毛状白斑不会自愈，因为毛状白斑是艾滋病患者常见的并发口腔表现，不存在早期和晚期。一般艾滋病病人分成艾滋病感染者和艾滋病患者，一般得毛状白斑的都是快成为艾滋病患者时，即CD4的水平比较高，病毒载量比较高的情况下，才出现口腔毛状白斑的表现。大概有30%的艾滋病患者会出现口腔毛状白斑的表现，很难自愈，因为艾滋病不可能自愈，即使用药物治疗，也不一定能够把毛状白斑完全消失，但是有些用药之后可以消失。如果艾滋病不能够完全治好，在发病情况下，毛状白斑还是治不好。
一般毛状白斑的治疗上，首先得治疗艾滋病，必须得控制HIV感染，病毒载量下降，整体疾病得到控制。在局部治疗艾滋病时，实际上还与EB病毒的感染相关，所以毛状白斑在治疗上，可以用无环鸟苷，用了以后病损可以消退，一旦停药之后，还可以复发。治疗毛状白斑，采用高效抗逆转录病毒治疗以后，毛状白斑有可能消失，所以有时如果长期用药，毛状白斑可以不再出现。