子宫肌瘤和巧克力囊肿相比，巧克力囊肿更严重，主要是因为巧克力囊肿的病人，通常会导致进行性加重的痛经，还可能会引起不孕不育。

1、巧克力囊肿：如果有手术指征，可以考虑手术给予治疗，如果没有手术指征，可以上曼月乐环(左炔诺孕酮宫内节育系统)治疗，也可以服用地诺孕素片进行治疗，都会控制疾病的发展。当绝经以后，通常巧克力囊肿不会再出现继续增大的可能性；

2、子宫肌瘤：在临床上是比较常见的疾病，发病率比较高，大约有30%的女性都有可能患子宫肌瘤，只是没有症状而没有检查，所以没有发现。子宫肌瘤是妇科常见的良性肿瘤之一。在临床上，随着肌瘤的生长，有可能导致月经出现异常，大约有1%的子宫肌瘤可能会发生癌变。所以，对于子宫肌瘤的病人，要定期复查，一旦发现增长速度加快或者回声出现异常，要积极进行处理。

所以，无论是子宫肌瘤还是卵巢的巧克力囊肿，都建议定期复查。