一般情况下做完粪菌移植之后1-2个礼拜左右，患者的症状可以得到一定改善，但是也有个别病人比较特殊，做完一个月以后才开始出现症状缓解，估计跟菌群在患者体内定植的时间以及定植程度有关系。

一般情况下粪菌移植的疗效有部分病人可以持续的时间比较长，但是有相当一部分病人3-6个月之后有可能要重新做第二次。主要是因为每个人体内都有自身的内环境，粪菌移植把供体健康菌群体系移植过去之后，在短期内可以定植成功，但是在患者自身内环境的影响之下，有可能3-6个月之后，有些细菌成分会慢慢消失。