粪菌移植的移植途径主要包括有以下几种：
1、经过中消化道移植途径，可以通过胃镜下喷洒粪菌或者胃镜下留置鼻空肠管等方式进行中消化道移植；
2、经过下消化道移植方式，包括有灌肠以及肠镜喷洒粪菌或者肠镜下留置置管，再进行注入粪菌途径；
3、口服粪菌胶囊。
总共三个途径，选择哪一种移植方式，主要根据患者的个体化情况、患者疾病的特点以及发病部位，另外尊重患者意愿，因为有些病人并不是很接受经过中消化道移植途径。