胃间质瘤的手术方案取决于每个医院的技术和肿瘤的大小、部位。因为胃间质瘤是恶性肿瘤，肿瘤较小时为良性肿瘤，但是无论是良性、恶性，只要手术中包膜破裂，就变成了恶性肿瘤，属于高危患者。所以手术技术非常重要，手术中一定要保证肿瘤的完整性。
胃间质瘤可以采取开放手术和腔镜手术两种方案。开放手术相对安全但是损伤大，腔镜手术损伤小但是风险性较高。经验丰富的医生多可以采用腔镜技术。若经验不够丰富，则以保守手术为主。对于不同部位的胃间质瘤手术，要采取不同的手术方式。
如果是在胃体或胃底的肿瘤，可以采取胃部分切除。如果是在胃贲门部或者幽门部的间质瘤，需采取胃的大部切除。现在部分新的技术，如果病人的瘤体较小，是幽门部或者贲门部肿瘤，可以采取腔镜下的ESD方法即黏膜剥除术，对患者受益更大。
