造成女性小肚子疼有多种原因，具体如下：

一、生理性因素：较常见为女性在排卵期，由于内源性前列腺素的释放，会导致卵泡破裂引起排卵，卵泡液流入盆腔刺激盆腔、腹膜，就会引起小肚子疼、下腹部胀痛以及肛门坠胀感，有时还会伴有少量阴道出血，称为排卵期出血，属于生理现象；

二、病理性因素：1、盆腔炎症，由于炎症刺激，会引起下腹部疼痛，急性盆腔炎会出现剧烈下腹痛，伴有发烧症状，如果急性盆腔炎未得到及时、彻底治疗，转变为慢性盆腔炎，就会出现下腹部持续、反复隐痛的现象。2、子宫内膜异位症，由于子宫内膜异位病灶种植在盆腔、腹膜、子宫骶骨韧带以及输卵管、卵巢部位，可能会在来月经前和月经期出现小肚子疼痛，尤其是卵巢的子宫内膜异位囊肿，有时会出现囊肿破裂，导致下腹痛。