骨髓增生异常综合征需要和下列疾病进行相鉴别，并且要排除这些疾病：
1、比较常见的在老年人当中，有老年人一来就是三系减少，并且做了骨穿，伴有病态造血，但是这些老人有特点，可能是牙不好，不能吃肉或不吃青菜，或吃的东西非常烂，或青菜要剁得很碎等，吃的比较少，叫做营养缺乏性的贫血，典型的是缺乏营养，叶酸和维生素B12以及维生素B6等；
2、还有要和骨髓增殖性肿瘤相鉴别，还要和原发性的血小板减少性紫癜、肾症、阵发性睡眠性血红蛋白尿相鉴别，这些疾病都有贫血、黄疸还有血细胞减少的特点；
3、还有骨髓增生异常综合征它还要和骨头转移瘤相鉴别，骨髓有些实体瘤可能会转移到骨髓里面，在骨髓的检查中，可以看到异常细胞，并不是骨髓来源的原始细胞，而是肺癌、肠癌、胃癌等在骨髓的转移，同时患者如果有感染，还有结缔组织病，如红斑狼疮时会出现骨髓的病态造血，在相应的检查中可以鉴别出来；
4、另外骨髓正常异常综合征常常是有骨髓增生低下的特点，三系减少，是白细胞、血红蛋白还有血小板的减少，在患者做骨髓检查时，发现这种类型叫低增生性MDS，很容易和再生障碍性贫血相混淆，所以要和再生障碍性贫血相鉴别；
5、MDS可能会合并骨髓纤维化，发现大概有50%的MDS的患者骨髓是有轻到中度的网状纤维增多，患者的骨髓纤维化和原发性的骨髓纤维化不同，要和原发性的骨髓纤维化相鉴别，MDS合并的骨髓纤维化在外周血里面常常是全血细胞减少，原发性的骨髓纤维化常常是外周血里面看到血细胞增多，另外异形和破碎红细胞在外周血里面也比较少见，胶原纤维形成也十分少见，并且常常没有肝脾肿大。另外MDS如果合并有骨髓纤维化，常常会比较快的转变为白血病。