慢性骨髓炎鉴别主要是以骨结核、骨梅毒还有骨肿瘤进行鉴别。
1、骨结核可以分为骨干结核或者骨的两端松质骨结核，骨干结核临床上比较少见，常合并其它部位的结核，死骨和窦道形成的比较少，经过适当的非手术治疗，就是经过药物治疗都能治好，很少需要手术治疗。慢性骨髓炎都会有死骨和窦道形成，而松质骨的骨结核，主要是以溶骨性破坏为主，一般不形成死骨，容易形成局部脓肿。骨结核X光片表现主要是显示骨小梁模糊不清，呈一致性的磨砂玻璃样改变，病变的骨头会比周围脱钙骨的骨质高，就是病变骨头密度高，周围骨头密度低。慢性骨髓炎是病变的地方密度低，骨破坏的密度低，周围它会有硬化增生，机体修复的表现形成比较多的硬化骨。鉴别比较困难的时候，需要借助细菌学和病理学检查，比如做细菌培养或者取组织做病理检查，只有通过这种情况鉴别；
2、骨的梅毒，骨梅毒X线片骨膜反应主要是花边状，呈花边状骨膜反应，很少形成死骨，抽血化验有血清的华氏反应或者康氏反应阳性；
3、骨肿瘤，常见的有3个：第一个是硬化性成骨肉瘤，没有感染病史，发展的比较快，疼痛比较厉害，主要是夜间痛会比较明显，化验血清的碱性磷酸酶会增高，X线片表现慢性化脓性骨髓炎骨膜反应总是由轻到重，就是骨膜反应越来越多，并且由模糊变得光滑，骨肉瘤的骨膜反应一开始层次比较清楚，均匀，随着病情的发展，会变得模糊，因为肿瘤要破坏骨头，慢性骨髓炎不会出现软组织的肿块，也不会形成肿瘤骨，骨肉瘤伴有比较快速增大的软组织肿块，骨膜反应呈放射状的骨针样，或者Codman三角绒毛状的骨膜增生，软组织肿块内可以见到钙化，形成肿瘤骨；第二个常见恶性肿瘤是骨肉瘤，多见于青少年，也会形成局部肿块，并且增大的比较快，X线片表现就是骨髓腔扩大，骨皮质呈葱皮样改变，骨膜反应呈洋葱皮样一层一层的，骨膜反应的密度比较低，并且比较细微，比较纤细，而骨髓炎的骨膜反应比较致密，密度比较高，片子上比较发白；第三个良性肿瘤，叫骨样骨瘤，主要好发部位在骨干，X线片病变部位可以看见局部比较广泛的骨皮质增厚，新生的骨皮质特别像慢性骨髓炎改变，但是骨样骨瘤不会形成脓肿，不会形成死骨，因为皮质比较光滑，骨膜反应偏向一侧，所以骨皮质增厚也偏向一侧，造成髓腔不对称性变窄，并且在骨增生的病灶中间是骨样骨瘤的病灶主要部位，叫巢穴的部位，形成一个圆形的或者卵圆形的透亮区，比较小，不会超过2cm，在2cm以下。