孩子阴茎小应先明确原因，观察为小阴茎还是隐匿性阴茎，根据不同原因进行治疗。主要分为以下几种情况：

1、小阴茎：部分阴茎小是发育问题，如阴茎体发育纤细，触摸发现阴茎体不但纤细而且短小，外观上也短小。用手推挤包皮后，发现阴茎已充分外露，充分外露后仍然短小，此种情况称为先天性小阴茎，可能需要小儿内分泌科医生进行治疗，进行头颅垂体磁共振或激素相关方面检查；

2、隐匿性阴茎：若孩子阴茎小，仅为外观小，但阴茎体发育正常，用手触摸或挤压包皮后，可发现阴茎体大部分埋藏于皮下或包皮内，挤压后即可看到正常阴茎体，孩子可能为隐匿性阴茎。隐匿性阴茎使阴茎体大部分埋藏在皮下，周围筋膜充分包裹或束缚，阴茎体不充分外露。根据孩子年龄，如3-6岁可选择手术治疗，将阴茎体周围充分的游离，将包皮脱套，阴茎体充分释放。释放后，将阴茎体根部固定，同时进行包皮口成形，使其达到接近正常外观，并不影响以后生长发育及孩子心理健康。