咽鼓管功能不良的病因很多，最常见的是炎症。咽鼓管是鼻子跟耳朵唯一沟通的管道，非常窄，炎症的原因很多时候是因为鼻炎，特别是感冒之后，鼻炎一直从咽鼓管蔓延到中耳，所以整个咽鼓管也发炎，这种情况最为常见。另外还要排除特殊情况，有些占位病变，比如鼻咽部长东西、咽鼓管通路上长东西使其堵塞，这种情况也是存在的。还有些较少见的原因，比如咽鼓管本身是个很细的管道，上面有些液体会缺失，叫做酶类缺失，整个咽鼓管并不是开放得非常好，这种情况也有。此外，因为咽鼓管的开放有两块肌肉作用，张嘴或者咬牙时肌肉会收缩，咽鼓管就容易张开，肌肉功能变差也会导致咽鼓管功能不良。
