青光眼性视神经萎缩的发病原因与青光眼有关，青光眼绝大多数情况下都是因为眼压高造成，由于高眼压造成的视神经机械性压迫，把视神经压坏，所以造成萎缩。

还有一类青光眼就是所谓正常眼压情况下眼压不高，但视神经也出现萎缩，这类青光眼视神经萎缩，也称之为正常眼压青光眼视神经病变。

其中还有一个理论叫缺血理论，因为缺血，血液供应灌注压不足，低灌注造成视神经损伤。

所以总体而言，不管是机械压迫学说，还是缺血理论学说，实际已经争论很多年，很多青光眼都是因为这两种理论造成青光眼性视神经萎缩，此外，还有其它不可知的因素，目前还在进一步研究、探讨中。