胚胎在培养到第3天或者第5-7天之后，会选择一些不需要进行移植的胚胎，或者移植后剩下多余的胚胎进行冷冻保存。
冷冻保存的过程有专门的冷冻保存液。首先会把胚胎放到冷冻保护液里面，对它进行脱水过程也就是皱缩过程，这个过程主要是为了避免后期冷冻因为含水量太多、液体量太多导致冰晶形成，而对胚胎带来损伤，所以会先进行皱缩。
第二步就是把含有胚胎的冷冻保护液放到专门进行胚胎冷冻的载杆上，最后把它装载完之后放到液氮中，也就是-196℃的环境中进行冷冻保存。
这个过程要在显微镜下进行操作，每一步包括胚胎的皱缩过程、胚胎的装载过程都是有严格的时间控制的，这些严格的操作都是为了保证胚胎的复苏率、存活率以及冻胚移植的妊娠成功率。
