全凭静脉麻醉的缺点包括肌松效果差，但个体差异明显。部分患者可能出现麻醉效果差、代谢受肝肾功能影响、可控性不如吸入麻醉药、镇痛效果不好、依靠体重计算给药不科学，没有办法连续监测血药浓度。另外没有任何一种全凭静脉麻醉药，可以满足手术麻醉的需要。
但全凭静脉麻醉目前仍然是临床麻醉常用药物，吸入麻醉药和静脉麻醉药各有优缺点，相互发挥取长补短作用，完成手术麻醉。全凭静脉麻醉时仍然需要监测患者呼吸、循环、血压、心率以及内环境情况，避免由于药物作用的不确定性导致患者出现不安全情况。
目前在有经验麻醉医生操作和使用下，全凭静脉麻醉可以起到规避缺点发扬麻醉作用，确保患者手术操作舒适、安全。
