肾脏囊肿内部如果有结石，不用做特殊处理或者专门处理，这种情况的治疗原则，主要参考肾囊肿本身的治疗原则。

1、周边型的肾囊肿：如果在4-5公分以上，一般可以考虑给患者做腹腔镜下的囊肿切除手术，尽可能避免囊肿持续性地增大，对肾脏实质产生一种持续性的压迫效应，导致肾脏的实质持续性地萎缩，肾功能出现持续性损害；

2、肾脏肾门附近的肿瘤：对于肾门部位的囊肿，要注意囊肿本身是否会对肾脏动脉产生压迫，是否有动脉性高血压出现。如果有，就应该早期，甚至在囊肿体积并不大的情况下，就考虑做囊肿手术，通过腹腔镜的囊肿切开手术来进行减压，最重要是解除囊肿对肾脏肾门部位的肾动静脉血液循环的影响，避免动脉高压出现。

但如果囊肿和结石是分离的两种疾病，囊肿是囊肿，结石是结石，这个病人既有囊肿又有结石，这种结石主要的处理原则，还是要看体积大小。如果结石体积没有超过1公分，可以考虑进行定期观察。

如果结石已经超过了1公分，要进一步地根据病人的身体条件、当地的技术条件以及经济条件等，选择不同的治疗方案。比如可以考虑微创的输尿管软镜激光碎石手术、输尿管硬镜激光碎石手术、微通道的经皮肾镜手术、标准通道的经皮肾镜手术等。从技术的角度，还是和结石数量、大小有着非常直接的关系。