晚期筛查是补漏性的筛查阶段，也是非常重要的一个筛查阶段。这个阶段可以发现隐性脊柱裂、膈疝、脑积水、胸积水、腹腔积水等畸形。隐性的脊柱裂在早孕和中孕的时候，没有达到一定的压力是不会膨出来的，而到了中晚期、晚晚期以后，压力变大，它会从缝隙膨出来，超声是通过看到膨出来的脊柱液，才能明显地检查出隐性的脊柱裂。一些脑积水、胸水、腹水，同样也是往往在早期、中期没有，到晚期才能体现出来。胎儿在生长发育的过程中，积水逐渐地增加，逐渐得严重，才能发现出来。当积水小于5mm时，没办法做出诊断，一般要超过0.6cm以上，才能做出提示和诊断。
