皮脂腺囊肿可变成基底细胞癌或鳞癌，癌变前会有变硬的感觉，在查体时可感觉肿物活动度较差，若为良性肿物，边界较清，活动度较好，按压时会到处动。如果囊肿活动度变差，无法推动，且有一种麻木的感觉，有时会溃破、渗液，且溃破后不易愈合，需注意是否出现瘤变，可进行超声检查囊肿是否由囊性变成实性，且可取病理确定细胞分化是否达到恶性程度，故病理诊断为最终的诊断。
皮脂腺囊肿较小时，可通过通畅皮脂腺导管的方式，如给予酸溶脂或面部清洁等进行治疗。但若皮脂腺囊肿较大，如花生米样大小，通过通畅导管的方法无法解决，需采用局部手术切除，且需将囊膜完整切除，不易复发。如果皮下囊肿发生感染，则不适合进行手术，需先控制感染。如果已形成脓肿，要切开引流，待炎症完全消退后再考虑手术治疗。因炎症时进行手术往往无法彻底清除，且易复发。如果怀疑皮脂腺囊肿发生恶变，应及早切除，通过病理检查确诊，术后可辅助一定的局部放疗，达到根治效果。
