对于咽喉部的细菌感染，通常首选青霉素类或头孢类抗生素。咽喉部炎症通常是非感染性炎症，只有少数是出现感染性炎症，当出现细菌感染所导致的咽喉部炎症，引起咽喉部肿痛时，才需要应用抗生素治疗。
由于咽喉部的常态细菌以链球菌为主，在治疗咽喉部感染时，大多可以采用青霉素类或头孢类抗生素来控制感染。如果抗生素不敏感，如经过3-5天用药，病人没有明显缓解，也可以采用其他类型抗生素，如大环内酯类或喹诺酮类抗生素。
大部分咽喉部急性炎症是病毒感染所导致，病人并不需要应用抗生素，只需要让病人注意休息、多饮水，给予比较丰富的饮食等支持治疗就可以。对于比较明确的细菌感染咽喉炎，采用抗生素治疗缩短病人病程，治疗病人的咽喉部炎症。
