肠镜检查前的准备主要是清洁肠道，需要口服大量泻药和水分来清洗肠道。目前清洁肠道的主要是渗透性泻药，如甘露醇、硫酸镁、聚乙二醇等。主要是提高肠腔内的渗透压从而引发腹泻，同时再饮用大量水分，就可以清洁肠道。
因为服用的水分量比较大，部分病人可能无法耐受，而出现恶心、呕吐的症状，最终导致肠道准备失败。排出的大便是一种水状物质，并且是不带粪渣的透明状况，才提示肠道准备充分。
肠道准备不充分，肠腔中有较多的大便粪渣残留，会影响到结肠镜的观察，导致某些病变的漏诊。肠道准备得充分，可以提高腺瘤以及其他病变的检出率。
肠镜检查有一定痛苦性，因为肠镜需要经过肛门逆行向上达到回肠末段，来完善整个结肠检查。在检查过程中，病人可能会感到腹胀、腹痛。对于曾经做过腹部手术或者妇科相关切除的病人，做肠镜的痛苦性可能会比较大，建议选择无痛肠镜检查。
