由于胃平滑肌瘤与平滑肌肉瘤鉴别较为困难，而平滑肌瘤又可以发生恶性变，所以应予以处理。对单发有蒂的，瘤体直径＜2cm的平滑肌瘤，可经内镜电切术；对于多发无蒂直径＞2cm，或有出现出血、梗阻等症状，或内镜活检、穿刺活检提示有恶变者，应给予腹腔镜下或剖腹手术切除。处置方式可视病变的具体情况而定；对于直径＜5cm的胃体、胃窦及胃底的平滑肌瘤，若肿瘤界限清楚，瘤体无坏死，瘤体部位胃黏膜无溃疡，腹腔又无转移者可行肿瘤局部切除，切除距离肿瘤1cm。
位于幽门、贲门部位的平滑肌瘤。当肿瘤直径＜3cm时，可行保守的局部切除或连同部分胃壁做楔形切除。直径＜2cm的胃平滑肌瘤，完全可以通过内镜做内镜下黏膜挖除术把病变切除，花费少，恢复快，创伤也小。胃平滑肌瘤小于2cm以下内镜切除，＞2cm以上已出现出血、梗阻、恶变，可以考虑腹腔镜下切除或者是剖腹切除。
