全麻支气管镜与普通支气管镜相比，具有一定风险，患者多可出现呼吸道阻塞，导致通气量不足。部分患者还可出现低氧血症、低血压、高血压、窦性心动过速、窦性心动过缓、心肌缺血及误吸，甚至出现恶性高热等。

此外，还有部分患者可出现精神症状，发生率相对较高，约8%-70%，主要与操作集数、患者年龄，以及有无基础疾病相关，而老年人进行全麻下无痛支气管镜并发症发生率会更高。