新生儿缺氧缺血性脑病，最主要的治疗是以保护脑细胞，减少脑损伤为核心的对症治疗。近些年来最重要的进展是亚低温、亚冬眠治疗，这样的温度可以减少脑细胞进一步损伤与凋亡。然而上述治疗并不属于特效治疗，其他对症治疗也较为重要。控制缺氧缺血性脑病引起的神经系统损害，如惊厥、肌张力紧张等，需要适当进行镇静治疗。若已经存在呼吸方面的损害，需要进行呼吸支持，纠正水电解质、内环境的紊乱，营养心肌、营养其他脏器的损伤，对心脏、肝脏、胃肠道等脏器的损伤进行进一步的治疗与恢复，有助于改善缺氧缺血性脑病引起的脑细胞相应损伤。
既往对神经损伤也进行过较多研究，如神经节苷脂、生长肽，又称为舒泰神等药物，上述药物并不能在大规模的临床试验与流调中体现疗效，也没有特效药能够明确改善缺血缺氧性脑病的神经修复功能。中重度缺血缺氧性脑病，仍然还是存在比较明显的神经系统后遗症，如脑瘫、智力障碍、学习障碍等。
