益生菌本身没有直接的抗过敏作用，但是有些病人会对不同的食物，产生不同的食物不耐受，产生不同的症状。所以从这个层面上来说，益生菌确实能够达到治疗作用。如果有些病人出现了乳糖不耐受，或者是喝完奶以后、吃完甜的食物以后，会出现腹泻症状，这时候可以考虑使用益生菌治疗。
临床上常用的益生菌有乳酸杆菌、双歧杆菌、枯草杆菌，这些益生菌都可以使用。对于有些患者喝酸奶没有任何不适的临床症状时，也可以通过分次吃，有效摄入酸奶，同样也可以起到改变肠道内菌群、改变肠道内的微环境，从而达到治疗肠道食物不耐受的状态。
特别是一些婴幼儿，这些情况比较突出，因为婴幼儿在成长过程中，会逐步接受机体从来没有摄入过的各种各样的动物蛋白。所以在摄入动物蛋白的过程中，可能有些小孩会出现食物不耐受，出现便秘、腹泻、消化不良的症状。因此如果出现这些问题时，可以采用上述提到的益生菌进行治疗。
