39岁突然发生停经，要及时到妇科就诊，通过妇科医生的妇科检查、B超、激素水平测定，评估发生停经原因，不同原因引起的停经处理方式不同，具体如下：

1、功能性闭经：39岁发生停经可能是由于精神、神经、外界环境刺激导致的功能性闭经，通过妇科检查、B超、激素水平测定诊断是功能性闭经之后，可以通过口服孕激素，停药之后撤退性出血，使月经恢复来潮。如果孕激素口服一个疗程之后，没有发生撤退性出血，要警惕是否发生严重内分泌失调，导致停经，比如子宫内膜性停经、垂体性停经、下丘脑性停经等，由于雌激素和孕激素普遍缺乏而导致停经，不会由于补充激素而恢复月经；

2、怀孕：39岁的停经要警惕是否发生怀孕的情况，因为39岁女性仍然有排卵，有怀孕的可能性，如果发现停经女性应该去检查，通过测定血中人绒毛膜促性腺激素的水平，评估是否怀孕，还可以通过做B超检测宫内是否已存在孕囊诊断早期妊娠。