婴儿肠套叠发病率相对比较高，引起肠套叠的病因尚不十分清楚，推测可能跟以下的机制有关系。

1、食物变化：婴儿到了6个月月龄以后，从乳类食物逐渐开始添加一些其他的辅食，逐渐过渡到幼儿的饮食，随着食物的添加，有可能诱发没有发育成熟的胃肠功能出现紊乱，导致婴儿容易出现肠套叠，婴幼儿时期也是肠套叠发病的高发期；

2、感染：比如肠道内的腺病毒或者是轮状病毒感染，都可以诱发婴儿出现肠套叠；

3、婴儿肠道解剖关系：还跟婴幼儿肠道的解剖因素有关系，婴幼儿往往肠系膜相对比较长，所以肠管相对比较游离，固定得不好，在出现胃肠功能紊乱的时候，容易导致蠕动紊乱，会诱发肠套叠；

4、肠痉挛和自主神经功能调整紊乱：还有婴儿肠套叠的高发，可能跟婴儿的肠痉挛和自主神经功能调整紊乱等都有关系，婴儿在有炎症或者是着凉，或者是感染刺激，或者食物刺激的时候，容易出现肠道蠕动紊乱，容易出现逆蠕动，会导致婴儿出现肠套叠；

5、先天性肠道畸形：还有有些肠套叠的发生，跟婴儿存在着先天性的肠道畸形有关系，比如部分婴儿患有美克尔憩室或者是患有肠重复畸形，都可以诱发婴儿出现肠套叠。