怀孕40天做人流好还是药流好，两种流产方法各有利弊，应该在医生指导下进行评估，进行合理选择。人流作为一种手术方式，是通过吸管负压的吸引术，将宫内的妊娠囊去除到体外，进行早期妊娠的终止。好处是比较彻底，通常宫内残留、人流不全发生率较低。但弊端是通过吸管对子宫内膜的处理，可能会引起子宫内膜损伤，继发引起月经过少、月经失调、闭经甚至继发不孕等。

药流作为口服药物，促进子宫收缩、排除孕囊的方法，好处是相对损伤较小，没有器械操作，另外药流对孕妇的主观刺激或创伤相对较小。但药流也有弊端，就是有一定的失败率，并不是100%成功，如果药流失败，还要通过人工清理、清宫进行终止。