一般B超和CT检查肝脏时，各有优缺点。B超属于无创性检查，可多次重复动态观察病灶变化，对于肝脏疾病筛查，一般作为首选。CT通常做增强CT检查，一般平扫CT对于肝脏疾病的诊断，甚至不如部分经验熟练的超声医生。增强CT检查时，需往血管内注射造影剂，从而提高对于肝脏，尤其占位性病灶的确诊，区分肝脏良性和恶性疾病、判断血管相关问题、观察肝脏形态时，分辨率比B超更清楚。
对于原发性肝癌诊断，需通过增强CT或核磁，CT检查有射线，且部分人对造影剂过敏，进而出现造影剂相关反应，包括引起造影剂肾病等，所以通常CT短时间内不建议重复检查。以上两种检查对于医生而言，均属于重要的辅助影像学检查手段。但通常对于肝胆系统疾病先进行超声检查，需要做CT时再选择CT检查。
